The Apex Theory fue formada en 1999 por músicos de ascendencia armenia Ontronik Khachaturian, Art Karamian y David Hakopyan. El batería Sammy J. Watson se unió al grupo después de haber sido incapaces de encontrar un batería comprometido.
El grupo graba su primer EP, Extendemo, en el año 2000. En los siguientes años, firman con DreamWorks Records, lanzando su segundo EP, The Apex Theory el 9 de octubre de 2001. La banda actúa en el escenario principal del festival Warped Tour durante el año 2001, y como segundas cabezas de cartel en el MTV2 tour de 2002.

El día 2 de abril de 2002, el grupo publica su álbum debut, Topsy-Turvy. Alcanzó el puesto 6 en el Billboard gráfico y el puesto 157 en el Billboard 200. Meses después de la salida del álbum, Khachaturian abandona la banda y deciden buscar un nuevo vocalista antes de decidir que Karamian se hiciese cargo del puesto como vocalista del grupo.

El grupo publica un nuevo EP en 2004 llamado inthatskyissomethingwatching....